60余年来，全所在养殖品种遗传育种、健康养殖、病害防控、海洋资源和环境调查评估与生态修复、海域海岛综合管理等领域先后承担了国际、国家级和省部级科研项目500余项，取得了150余项科研成果，获得国家及有关部门奖励90余项，其中省部级以上奖励47项（其中全国科学大会奖2项，国家海洋创新成果奖5项、中华农业科技奖1项，海洋科学技术奖1项，省科技奖38项）。2006年9月被国家海洋局、科技部联合授予“全国海洋先进集体”荣誉称号。
渔业毛竹防蛀法”获1978年省政府科技成果三等奖
海马养殖技术的研究”获1979年省科技成果三等奖
浙南近海三疣梭子蟹生长、繁殖、洄游分布的调查”获1984年省优秀科技成果四等奖
文蛤大规格苗种生产技术”获2003年国家海洋创新成果二等奖、浙江省科技进步三等奖
中国对虾亲虾越冬技术和育苗高产技术研究“获1987年省科技进步二等奖
日本对虾高产养殖技术及推广“获1991年省科技进步三等奖
“浙江省重点海湾养殖容量研究与应用—乐清湾和三门湾养殖生态和养殖容量研究与评价”获2005国家海洋创新成果二等奖
东海区重要渔业资源调查及名优水产增养殖的关键技术研究与示范”获浙江省科学技术一等奖
日本真牡蛎人工育苗和增养殖技术”获农牧渔业部技术进步三等奖和省科技成果二等奖
“围网起网机—JW1500公斤×2型”获全国科学大会奖
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